工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算在目前审计机关审计任务日益繁重 ，而审计力量相对有限的情况下 ，审计人员如何根据工程项目的实际情况选择工程预算审计方法，以便提高审计效率，又快又好地完成审计任务随着 经济快速发展及投资的增长，建设项目投资审计受到社会各界的空前重视。工程预算审计是政府投资项目审计的重要组成部分，特别在节约建设资金、提高项目管理水平方面具有显著作用。近年来，随着政府基本建设力度的加大，投资审计倍受社会各界关注，各级政府部门对投资高重视，这对审计机关和审计人员来说，既是一种鼓励，
工程预算建设单位是否在招标前将该项目的招标用图纸和工程量清单（或调整工程量清单）进行了认真的对比审核。工程量清单是根据招标用图纸，按照招标文件上的各细目计量方法汇总出来的。它既是招投标时各投标单位报价的共同基础，也是合同签定后施工过程中变更、计量的基础。目前工程量清单大多由设计院或工程咨询事物所编制，没有第二家单位复核，准确度较低，如果清单量与实际施工图数量出入太大，会使合同价（或中标价）过高或过低，即使在中标以后另行调整，也会给施工单位按合同文件提请变更单价埋下伏笔。
施工组织设计的工程预算编制依据
(1)计划文件，包括 批准的基本建设计划文件、单位工程项目一览表、分期分批投产的要求、投资指标和设备材料订货指标、建设地点所在地区主管部门的批件、施工单位主管上级下达的施工任务等；
(2)设计文件，包括批准的初步设计或技术设计、设计说明书、总概算或修正总概算、可行性研究报告；
(3)合同文件，即施工单位与建设单位签订的工程承包合同；
(4)建设地区的调查资料，包括气象、地形、地质和其他地区性条件等结算过程其他注意事项结算的工程量以竣工图为准，竣工图不清之处，预算人员要得到工程管理中心的确认或到工地现场进行实地测量；尤其对图纸未标注、规范无特别要求，现场实际施工又提高标准的项目一定要有现场工程师文件确认并符合工程合同要求后才能给予按实结算。